- 宝暦 ６年 1756
- 藩主細川重賢候が再春館を建てた
- 明治 ３年 1870
- 藩立病院が創立された
- 明治 ４年 1871
- 藩立医学所創立、廃藩により官立医学校兼病院と改称した
- 明治 ８年 1875
- 医学校は廃止され、病院は下通町に移り通町病院と称した
- 明治１０年 1877
- 西南の役の兵火にかかり、病院は本山に移り、北岡に仮病院を開いた
- 明治１１年 1878
- 病院を手取本町に建築、県立医学校として再興した
- 明治１５年 1882
- 病院は医学校の附属となった
- 明治２１年 1888
- 県立医学校は廃止となり、病院は独立したが、翌年廃止され病院の機械器具一式個人に貸与され、私立熊本病院として経営され春雨黌と称した
- 明治２４年 1891
- 私立九州学院医学部が設立された
- 明治２９年 1896
- 私立九州学院医学部が廃止され、私立熊本医学校が設立された
- 明治３４年 1901
- 病院は本荘町に移転した
- 明治３７年 1904
- 専門学校令による私立医学専門学校と認定された
- 大正１０年 1921
- 県に移管されて、熊本県立医学専門学校と改称され、県立病院もまた附属病院となった
- 大正１１年 1922
- 熊本医科大学及び予科が設立された
- 大正１３年 1924
- 専門学校附属病院は大学附属病院と改称した
- 昭和 ４年 1929
- 官立として熊本医科大学が創立され、同附属病院と称した
- 昭和２０年 1945
- 戦禍を蒙り一部病棟を藤崎台陸軍病院跡に移転し藤崎台分室と称した
- 昭和２４年 1949
- 国立学校設置法により、熊本大学医学部附属病院と称した（昭和24年7月1日開設）
- 昭和２７年 1952
- 成人科（体研）が設置された（昭和27年４月診療開始）
- 昭和２９年 1954
- 整形外科が設置された（昭和29年５月診療開始）
- 昭和３５年 1960
- 歯科が設置された（昭和36年３月診療開始）
藤崎台分室を島崎町済生会病院に移転し、段山分室と改称した
- 昭和３６年 1961
- 皮膚泌尿器科は皮膚科と泌尿器科に分離した
段山分室は廃止し、本荘地区に合併した
- 昭和３９年 1964
- 中央検査部並びに中央手術部が設置された
- 昭和４０年 1965
- 小児科（体研）が設置された（昭和40年８月診療開始）
- 昭和４１年 1966
- 麻酔科が設置され（昭和42年３月診療開始）、中央材料部が設置された
- 昭和４２年 1967
- 第3内科が設置され（昭和43年２月診療開始）、中央放射線部が設置された
- 昭和４３年 1968
- 分娩部が設置された
- 昭和４４年 1969
- 脳神経外科が設置された（昭和44年６月診療開始）
- 昭和４６年 1971
- 第６病棟（SＲ12-1 14,435㎡）が竣工
- 昭和４７年 1972
- 集中治療部が設置された
- 昭和４８年 1973
- 理学療法部が設置された
- 昭和４９年 1974
- 病理部が設置された
- 昭和５３年 1978
- 救急部が設置された
- 昭和５４年 1979
- 外来臨床研究棟（Ｒ6 10,692㎡）が竣工
- 昭和５５年 1980
- 輸血部が設置された
- 昭和５８年 1983
- 循環器内科が設置された（昭和59年２月診療開始）
- 昭和５９年 1984
- 体質医学研究所の改組に伴い、成人科（体研）は代謝内科に、小児科（体研）は発達小児科となった
- 昭和６３年 1988
- 臨床修練指定病院となり、MRI-CT装置棟（S1 496㎡）が竣工
- 平成 元年 1989
- 設備管理棟（R2 780㎡）が竣工
- 平成 ３年 1991
- 小児外科が設置された（平成４年３月診療開始）
- 平成 ６年 1994
- エイズ拠点病院として選定された
特定機能病院として承認された（平成６年12月１日）
- 平成 ７年 1995
- 神経内科が設置された（平成７年12月診療開始）
- 平成１０年 1998
- 総合診療部が設置された
- 平成１１年 1999
- 医療情報部、治験支援センターが設置された
- 平成１２年 2000
- 感染免疫診療部、先端医療支援センター及び地域医療連携センターが設置された
- 平成１３年 2001
- 光学医療診療部が設置された
- 平成１４年 2002
- 血液浄化療法部、医療安全管理部が設置され、医療情報部は医療情報経営企画部に改組された、西病棟（SR12-1 24,547㎡）が竣工
- 平成１５年 2003
- 国際標準ISO9001認証取得した（平成15年３月19日）
総合臨床研修センターが設置された
- 平成１６年 2004
- 開設者が国から国立大学法人熊本大学となった
診療科再編成を行い、６診療部門31診療科に改められた
こころの診療科が設置された（平成16年５月診療開始）
- 平成１７年 2005
- 周産母子センターが設置された
- 平成１８年 2006
- 産科・不妊科は産科（平成18年６月１日）に名称変更された
医療技術部、外来化学療法センター、がん診療センター及びME機器センターが設置された
都道府県がん診療連携拠点病院に指定（平成18年８月24日）された
中央検査部がISO15189認定取得した（平成18年８月30日）
中央診療棟（SR7-1 23,791㎡）が竣工（ヘリポート設置）
- 平成１９年 2007
- 理学療法部はリハビリテーション部（平成19年１月１日）、放射線診断科は画像診断・治療科（平成19年４月１日）、輸血部は輸血・細胞治療部（平成19年４月１日）に名称変更された
第一立体駐車場が竣工
分娩部は周産母子センターに統合、廃止（平成19年７月26日）された
エイズ治療の中核拠点病院に選定（平成19年７月11日）された
- 平成２０年 2008
- 高次脳機能障害者支援拠点機関に指定（平成20年７月１日）された
- 平成２１年 2009
- 地域医療支援センター（平成21年１月１日）が設置された
がん診療センター及び外来化学療法センターが改組され、がんセンターとなった（平成21年５月１日）
熊本県基幹型認知症疾患医療センターに指定（平成21年５月１日）された
肝疾患診療連携拠点病院に指定（平成21年５月13日）された
財団法人日本医療機能評価機構から病院機能評価の認定（平成21年６月５日）を受けた
認証取得推進室が改組され、医療の質管理センター（平成21年10月１日）が設置された
- 平成２２年 2010
- 救急部、集中治療部、総合診療部は、集中治療部及び救急・総合診療部（平成22年４月１日）に改組された
先進医療支援センターは高度医療開発センター（平成22年４月１日）に名称変更された
感染対策室（平成22年４月14日）が設置された
東病棟（SR12-1 19,718㎡）が竣工
- 平成２３年 2011
- 移植医療センター（平成23年４月１日）が設置された
こころの診療科は神経精神科に統合、廃止された（平成23年４月１日）
周産母子センターが熊本県からの認定を受け、総合周産期母子医療センター（平成23年４月１日）に名称変更された
- 平成２４年 2012
- 栄養管理部（平成24年５月１日）が設置された
第二立体駐車場（Ｓ2 4,400㎡）が竣工
- 平成２５年 2013
- 院内保育所（平成25年５月１日）が設置された
- 平成２６年 2014
- 発達小児科は小児科に統合された（平成26年４月１日）
外来診療棟（S4 11,861㎡）が竣工
がんセンターに緩和ケアセンターを設置し、外来化学療法室、がん相談支援室、がん登録室を、外来化学療法センター、がん相談支援センター、がん登録センターと改称した（平成26年９月17日）
総合臨床研究部が設置され、当該研究部に研究シーズ探索センター、研究展開センター、研究倫理審査センター、研究データ管理センターが置かれ、治験支援センターが編入された（平成26年10月１日）
- 平成２７年 2015
- 代謝・内分泌内科は糖尿病・代謝・内分泌内科（平成27年４月１日）に名称変更された
- 平成２８年 2016
- 感染対策室は感染制御部（平成28年4月1日）に改組された
- 平成２９年 2017
- 医療安全管理部及び医療の質管理センターを統合し、医療の質・安全管理部（平成29年4月1日）となった
- 平成３０年 2018
- 神経内科は脳神経内科（平成30年9月1日）に名称変更された
災害医療教育研究センター（平成30年10月1日）が設置された
- 平成３１年 2019
- 医学部附属から大学附属となり、熊本大学病院に名称変更された（平成31年4月1日）
- 令和 ２年 2020
- 血液浄化療法部は腎・血液浄化療法センター（令和2年4月1日）に改組された
- 令和 ３年 2021
- 救急・総合診療部は、救急部及び総合診療科（令和3年3月1日）に改組された
- 令和 ４年 2022
- マルチ・トリアージ棟が竣工
形成・再建科は形成外科（令和４年４月１日）に名称変更された
総合臨床研究部研究展開センターにバイオバンクセンターが設置された（令和4年5月11日）
看護部に看護職キャリア支援センターが設置された（令和4年10月1日）
- 令和 ５年 2023
- 総合臨床研修センターに低侵襲医療トレーニングセンター、遠隔診療トレーニングセンターが設置された（令和5年4月1日）
